腸管の主要な働きは消化吸収である。しかし免疫器官としても極めて重要である。多くの病原細菌は口から入り、腸などを通して体内に侵入する。これらの侵入物から身を守るために自己防衛体制として、腸管には、からだの中で最大の規模の免疫器官が配置されている。すなわち腸管には免疫の働きを担う細胞や、侵入者と直接戦うたんぱく質である抗体（主として免疫グロブリンA（IgA）の数や量はからだ全体の60％以上が存在している。
腸には免疫器官として腸管壁にある腸の上皮細胞（吸収細胞）に囲まれて、腸管上皮間リンパ球が存在する。さらに腸管壁にはパイエル板、腸管壁の下方部分にある粘膜固有層などが免疫系器官として局在している。
このうちでパイエル板は腸管壁に局在する独特でかつ重要な免疫器官である。病原細菌などの抗原が侵入してくるパイエル板の腸管腔側は一層の上皮層で覆われ、その入口にはM細胞が存在し、ここから病原菌などが取り込まれる。このパイエル板領域には樹状細胞、T細胞、B細胞などの主要な免疫細胞が集中して存在している。これらの腸管免疫細胞群は協力して侵入してきた病原細菌抗原に対して免疫グロブリンAをつくり、これを用いて腸管に侵入してくる病原細菌の腸管壁を超えて体内への侵入を防ぐ働きをしている。
またパイエル板でB細胞が分化してできたIgAをつくる細胞は腸だけではなく、口、鼻など移行し、そこでIgAをつくり、病原菌の侵入を防ぎ生体の防衛に貢献している。
このIgAはY字型構造であることは他の免疫グロブリンと同じであるが、IgAには単量体と2量体があり、2量体はJ鎖によって結合されている。
さらに腸管の免疫系には食物などに含まれている大量のたんぱく質によって引き起こされる過敏な免疫反応を防ぐために、“経口免疫寛容”機構が働いている。この機構がないと食物アレルギーが発症することがある。
また最近、この腸管免疫の発達や働きを維持するために腸内細菌が重要な役割を果していることが明らかになった。すなわち、これら腸管免疫系の細胞にはトル様受容体が発現しており、これが腸内細菌体成分を認識し、その情報によって腸管免疫系が正常に働くよう調節している。
（上野川修一）
