Lactobacillus 属細菌は発酵食品の製造だけでなく、様々な動物種に対するプロバイオティクスとして広く利用されている乳酸菌で、これまでに200菌種以上が分類されていた。このLactobacillus 属細菌は系統的に多様であり、またグルコースの代謝方法、運動性、ペプチドグリカン中のテトラペプチドのアミノ酸組成などの生理・生化学的特徴も菌種間で大きく異なることが以前より報告されていた。そこで、2020年、Zheng et al. はそれまでに Lactobacillus 属に分類されていた全ての菌種 (261 菌種, 2019年8月19日現在) の基準株のゲノムデータを用い、ゲノムレベルで属分類の再評価を行った。ここで行われた解析は average nucleotide identity (ANI)、average amino acid identity (AAI)、core-gene average amino acid identity (cAAI)、core genome phylogeny、signature genes およびmetabolicまたは ecological criteria で、これらの解析により、Lactobacillus 属は合計 25 属に再分類された。この25属にはこれまでに提案されていた Lactobacillus 属、Paralactobacillus 属に加え、23の新属が提唱された。Lactobacillus 属と系統的に近縁なことが過去に報告されていた Pediococcus 属菌種は、上記25属とは属レベルで異なることから、再分類は行われなかった。また、これまで 16S rRNA 遺伝子を用いた系統解析により Leuconostocaceae 科に分類されていた Convivina 属、Leuconostoc 属、Fructobacillus 属、Oenococcus 属、Weissella 属は、ゲノムレベルの解析では科レベルでの違いは見られないことから、Leuconostocaceae 科は廃止され、全て Lactobacillaceae 科の属に分類された。これにより、Lactobacillaceae 科には現在合計31属が分類されている。詳しくは以下の論文を確認していただきたい。
・Zheng J, Wittouck S, Salvetti E, Franz CMAP, Harris HMB, Mattarelli P, O'Toole PW, Pot B, Vandamme P, Walter J, Watanabe K, Wuyts S, Felis GE, Gänzle MG, Lebeer S.: A taxonomic note on the genus Lactobacillus: Description of 23 novel genera, emended description of the genus Lactobacillus Beijerinck 1901, and union of Lactobacillaceae and Leuconostocaceae. Int J Syst Evol Microbiol. 2020 Apr; 70(4): 2782–2858.
| 属名 | 基準種 | 菌種数 |
|---|---|---|
| Lactobacillus | Lactobacillus delbrueckii | 38 |
| Amylolactobacillus | Amylolactobacillus amylophilus | 2 |
| Holzapfelia | Holzapfelia floricola | 1 |
| Bombilactobacillus | Bombilactobacillus mellifer | 3 |
| Companilactobacillus | Companilactobacillus alimentarius | 34 |
| Lapidilactobacillus | Lapidilactobacillus concavus | 7 |
| Agrilactobacillus | Agrilactobacillus composti | 2 |
| Schleiferilactobacillus | Schleiferilactobacillus perolens | 3 |
| Lacticaseibacillus | Lacticaseibacillus casei | 21 |
| Paralactobacillus | Paralactobacillus selangoresis | 1 |
| Latilactobacillus | Latilactobacillus sakei | 4 |
| Loigolactobacillus | Loigolactobacillus coryniformis | 8 |
| Dellaglioa | Dellaglioa algida | 1 |
| Liquorilactobacillus | Liquorilactobacillus mali | 13 |
| Ligilactobacillus | Ligilactobacillus salivarius | 16 |
| Lactiplantibacillus | Lactiplantibacillus plantarum | 16 |
| Furfurilactobacillus | Furfurilactobacillus rossiae | 3 |
| Paucilactobacillus | Paucilactobacillus vaccinostercus | 7 |
| Limosilactobacillus | Limosilactobacillus fermentum | 17 |
| Secundilactobacillus | Secundilactobacillus malefermentans | 11 |
| Levilactobacillus | Levilactobacillus brevis | 24 |
| Fructilactobacillus | Fructilactobacillus fructivorans | 6 |
| Acetilactobacillus | Acetilactobacillus jinshanensis | 1 |
| Apilactobacillus | Apilactobacillus kunkeei | 7 |
| Lentilactobacillus | Lentilactobacillus buchneri | 15 |
| total | 261 | |
| 旧分類名 | 再分類による新分類名 |
|---|---|
| Lactobacillus delbrueckii | 再分類による属名の変更なし |
| Lactobacillus acidophilus | 再分類による属名の変更なし |
| Lactobacillus crispatus | 再分類による属名の変更なし |
| Lactobacillus gasseri | 再分類による属名の変更なし |
| Lactobacillus helveticus | 再分類による属名の変更なし |
| Lactobacillus johnsonii | 再分類による属名の変更なし |
| Lactobacillus kefiranofaciens | 再分類による属名の変更なし |
| Lactobacillus paragasseri | 再分類による属名の変更なし |
| Lactobacillus casei | Lacticaseibacillus casei |
| Lactobacillus paracasei | Lacticaseibacillus paracasei |
| Lactobacillus rhamnosus | Lacticaseibacillus rhamnosus |
| Lactobacillus sakei | Latilactobacillus sakei |
| Lactobacillus curvatus | Latilactobacillus curvatus |
| Lactobacillus salivarius | Ligilactobacillus salivarius |
| Lactobacillus plantarum | Lactiplantibacillus plantarum |
| Lactobacillus pentosus | Lactiplantibacillus pentosus |
| Lactobacillus fermentum | Limosilactobacillus fermentum |
| Lactobacillus reuteri | Limosilactobacillus reuteri |
| Lactobacillus brevis | Levilactobacillus brevis |
| Lactobacillus fructivorans | Fructilactobacillus fructivorans |
| Lactobacillus lindneri | Fructilactobacillus lindneri |
| Lactobacillus sanfranciscensis | Fructilactobacillus sanfranciscensis |
| Lactobacillus kunkeei | Apilactobacillus kunkeei |
（遠藤明仁）
