| 理事長 | 清野 宏 |
千葉大学大学院医学薬学府 国際粘膜免疫・アレルギー治療学研究拠点 特任教授 カリフォルニア大学サンディエゴ校医学部 内科学講座 消化器内科分野 教授 |
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| 副理事長 | 神谷 茂 | 杏林大学医学部感染症学名誉教授 |
| 常務理事 | 五十君靜信 | 東京農業大学応用生物科学部教授 |
| 大草敏史 | 順天堂大学大学院医学研究科特任教授 | |
| 大野博司 | 理化学研究所 生命医科学研究センター 粘膜システム研究チーム チームリーダー | |
| 長谷耕二 | 慶應義塾大学薬学部教授 | |
| 理事 | 阿部文明 | 森永乳業（株）常務執行役員 研究本部 本部長 |
| 市原淑立 | （株）明治 研究本部 乳酸菌研究所長 | |
| 大崎敬子 | 杏林大学医学部感染症学教授 | |
| 大谷直子 | 大阪公立大学大学院医学研究科 分子生体医学講座教授 | |
| 岡田信彦 | 北里大学薬学部微生物学教室教授 | |
| 加藤公敏 | さいたま記念病院 消化器内科 | |
| 木元広実 | 農業・食品産業技術総合研究機構 食品研究部門食品健康機能研究領域ヘルスケア食グループ グループ長 | |
| 小林敏也 | 雪印メグミルク（株）ミルクサイエンス研究所所長 | |
| 澤田治司 | （株）ヤクルト本社ヨーロッパ研究所社長 | |
| 新藏礼子 | 東京大学定量生命科学研究所 免疫・感染制御研究分野教授 | |
| 高橋恭子 | 日本大学生物資源科学部応用生物学科教授 | |
| 戸塚 護 | 東京農業大学生命科学部分子微生物学科教授 | |
| 八村敏志 | 東京大学大学院農学生命科学研究科准教授 | |
| 平山和宏 | 東京大学大学院農学生命科学研究科教授 | |
| 弘田辰彦 | アサヒクオリティーアンドイノベーションズ（株）コアテクノロジー研究所第三部長 | |
| 細野 朗 | 日本大学生物資源科学部食品科学工学科教授 | |
| 山村秀樹 | ビオフェルミン製薬（株）審議役 | |
| 監事 | 下条直樹 | 千葉大学予防医学センター 特任教授 |
| 山本憲二 | 和歌山大学産学連携イノベーションセンター客員教授 | |
| 顧問 | 上野川修一 | 東京大学名誉教授 |
| 評議員 | 綾部時芳 | 北海道大学大学院先端生命科学研究院教授 |
| 河野麻実子 | 森下仁丹（株）ヘルスケア研究グループ グループリーダー | |
| 斎藤高雄 | 大塚製薬（株）ニュートラシューティカルズ事業部 大津栄養製品研究所 | |
| 坂本光央 | 理化学研究所 バイオリソース研究センター微生物材料開発室 | |
| 嶋崎智史 | 東亜薬品工業（株）培養技術生産センター長 | |
| 高橋志達 | ミヤリサン製薬（株）研究開発本部長 | |
| 竹下正彦 | 南日本酪農協同(株)商品開発部 次長 | |
| 田中 高 | 山崎製パン(株) 中央研究所 機能性食品技術開発室 課長 | |
| 田中幸雅 | 江崎グリコ（株）応用研究室 室長 | |
| 中島 淳 | 横浜市立大学医学研究科 肝胆膵消化器病学主任教授 | |
| 名倉泰三 | 日本甜菜製糖（株）総合研究所食品研領域長 | |
| 野口敬康 | わかもと製薬（株）ヘルスケア事業本部 ヘルスケア開発部 | |
| 原田 岳 | タカナシ乳業（株）商品研究所チーフ | |
| 藤田史朗 | 日清ファルマ（株）健康科学研究所長 | |
| 山本直之 | 東京工業大学生命理工学院教授 | |
| 米島靖記 | Noster(株)R＆D本部マイクロバイオームグループ 研究グループ長 | |
| 理 事：10名以上30名以内（うち、理事長1名） 評議員：15名以上25名以内 監 事：2名以上3名以内（役員および評議員は非常勤）（現在、役員および評議員に報酬および退職金は支給しておらず、今後も支給する予定はない） |
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