| 理事長 | 大野博司 | 理化学研究所 生命医科学研究センター 粘膜システム研究チーム チームリーダー |
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| 副理事長 | 長谷耕二 | 慶應義塾大学薬学部教授 |
| 常務理事 | 平山和宏 | 東京大学大学院農学生命科学研究科教授 |
| 岡田信彦 | 北里大学薬学部微生物学教室教授 | |
| 新藏礼子 | 東京大学定量生命科学研究所 免疫・感染制御研究分野教授 | |
| 高橋恭子 | 日本大学生物資源科学部応用生物学科教授 | |
| 理事 | 阿部文明 | 森永乳業（株）常務執行役員 研究本部 本部長 |
| 大崎敬子 | 杏林大学医学部感染症学教授 | |
| 大谷直子 | 大阪公立大学大学院医学研究科 分子生体医学講座教授 | |
| 大野裕史 | ビオフェルミン製薬（株）研究開発本部長 | |
| 木村郁夫 | 京都大学大学院生命科学研究科生体システム学分野教授 | |
| 木村勝紀 | 明治ホールディングス（株）ウェルネスサイエンスラボ | |
| 木元広実 | 農業・食品産業技術総合研究機構 食品研究部門食品健康機能研究領域ヘルスケア食グループ グループ長 | |
| 國澤 純 | 医薬基盤・健康・栄養研究所ヘルス・メディカル微生物研究センター長 | |
| 小林敏也 | 雪印メグミルク（株）ミルクサイエンス研究所所長 | |
| 坂本光央 | 理化学研究所バイオリソース研究センター | |
| 戸塚 護 | 東京農業大学生命科学部分子微生物学科教授 | |
| 長岡正人 | （株）ヤクルト本社中央研究所所長 | |
| 中島 淳 | 国際医療福祉大学消化器内科統括教授・国際医療福祉大学熱海病院 病院長 | |
| 中村公則 | 北海道大学大学院先端生命科学研究院教授 | |
| 八村敏志 | 東京大学大学院農学生命科学研究科教授 | |
| 弘田辰彦 | アサヒクオリティーアンドイノベーションズ（株）コアテクノロジー研究所第三部長 | |
| 藤坂志帆 | 富山大学学術研究部医学系第一内科准教授 | |
| 藤永由佳子 | 金沢大学医薬保健研究域医学系細菌学教授 | |
| 細野 朗 | 日本大学生物資源科学部食品科学工学科教授 | |
| 監事 | 綾部時芳 | 北海道大学産学・地域協働推進機構客員教授 |
| 下条直樹 | 千葉大学予防医学センター 特任教授 | |
| 顧問 | 上野川修一 | 東京大学名誉教授 |
| 評議員 | 五十君靜信 | 東京農業大学応用生物科学部教授 |
| 大草敏史 | 順天堂大学大学院医学研究科特任教授 | |
| 大澤 朗 | 神戸大学名誉教授、東北大学客員教授 | |
| 神谷 茂 | 杏林大学医学部感染症学名誉教授 | |
| 菊地 裕人 | 日本甜菜製糖（株）総合研究所 | |
| 河野麻実子 | 森下仁丹（株）ヘルスケア研究グループ グループリーダー | |
| 斎藤高雄 | 大塚製薬（株）ニュートラシューティカルズ事業部 大津栄養製品研究所 | |
| 佐藤直樹 | 東亜薬品工業（株）基盤技術研究室室長 | |
| 高橋志達 | ミヤリサン製薬（株）研究開発本部長 | |
| 田中 高 | 山崎製パン(株) 中央研究所 機能性食品技術開発室 課長 | |
| 田中幸雅 | 江崎グリコ（株）研究業務室長 | |
| 田村 基 | 農業・食品産業技術総合研究機構食品研究部門主任研究員 | |
| 辻 典子 | 十文字学園女子大学人間生活学部食品開発学科教授 | |
| 内藤裕二 | 京都府立医科大学大学院医学研究所生体免疫栄養学教授 | |
| 中山二郎 | 九州大学大学院農学研究員生命機能科学部門教授 | |
| 野口敬康 | わかもと製薬（株）ヘルスケア事業本部 ヘルスケア開発部 | |
| 藤田史朗 | 日清ファルマ（株）健康科学研究所長 | |
| 宮澤賢司 | タカナシ乳業（株）商品本部商品研究所次長 | |
| 山本直之 | 順天堂大学医学部共同研究講座特任教授 | |
| 米島靖記 | Noster(株)R＆D本部マイクロバイオームグループ 研究グループ長 | |
| 理 事：10名以上30名以内（うち、理事長1名） 評議員：15名以上25名以内 監 事：2名以上3名以内（役員および評議員は非常勤）（現在、役員および評議員に報酬および退職金は支給しておらず、今後も支給する予定はない） |
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